マイナンバ-セキュリティ機能は、ハードウエア情報を読み出そうとする不正行為に対して機器自身が防御する機能、キーなどの重要情報の漏洩を防ぐソフトウエア機能、管理・運用局面での各種ツールなどを利用し、システム全体として統制できるIBMの強固な暗号化技術を活用する。暗号化技術は、ホストシステムおよび分散システムのどちらでも提供可能。IBMの暗号化技術は、政府がマイナンバー管理に求める基準などに準拠するだけでなく、FISC(The Center for Financial Information Industry Systems)の安全対策基準にも準拠している。さらに、米国政府が暗号化機構を採用する際に必須とされている米国セキュリティ標準FIPS PUB140-2において、最高レベルであるレベル4の認定を受けている。